Samtools 的使用

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Introduction

用于查看和处理 SAM 和 BAM 文件；SAM 文件较 BAM 文件大，BAM 文件是 SAM 文件的二进制格式文件，空间占用小，且用于计算时的速度也会大大提升。

SAM 文件可以保留 reads 到参考基因组序列的比对信息；主要由两部分组成：头部（header section）和比对结果部分（alignment section）

没有 header 的 SAM 文件并不能转换成 BAM 文件

Getting Started

1. 查看 bam 文件头部

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$ samtools view -h test.bam | head
## output
@HD	VN:1.6	SO:coordinate
@SQ	SN:chrM	LN:16571
@SQ	SN:chr1	LN:249250621
@SQ	SN:chr2	LN:243199373
.......
@RG	ID:sampleid	PL:Illumina	LB:lib	SM:sampleid   ## bwa -R 给定的参数；如：<abspath>/bwa mem -t 4 -M -k 30 -R '@RG\tID:sampleid\tPL:Illumina\tLB:lib\tSM:sampleid' ....
@PG	ID:bwa	PN:bwa	......
  • 解释：
    • HD：VN-版本号；SO-排列方式
    • SQ：SN-参考序列序号；LN-长度
    • RG：ID-样本信息；
    • PG：ID-比对工具；以及比对时运行的命令

参考链接

[1] https://www.jianshu.com/p/68f6e35fa4a2