JWei's Blog

Introduction

大多数基因组组装工具只是简单的将单倍型共同组装成一个 mosaic consensus，从而导致组装不能准确地代表任何一个原始单倍型。将单倍型折叠成一个单一的 consensus 会引入不存在于任何一单倍型中的错误变体，从而导致注释或分析错误。在理想情况下，基因组应该表示为一组完整的单倍型，而不是 artificial mixture。解决这种问题的常见方法就是对近交个体进行测序来减少单倍型变异的问题，然而，这对许多物种来说时不切实际的；即使在可能的情况下，也可能导致基因组不能代表自然种群中发现的变异。另一种方法是使用单倍体、基于克隆的基因组库，就像人类基因组计划所做的那样。

Falcon：一组用于快速比对 long reads 以达到 consensus 和 组装的工具；是研究单倍体和二倍体基因组的一种高效组装算法。

Background

现今，大多数现有的比较组装的方法仅适用于已完成基因组的新组装，尚未充分考虑评估以前未测序的物种组合的问题。当前的测序技术和软件面临着许多阻碍完整染色体重建的复杂性，包括读取错误和基因组中的大量重复。不同的组装程序使用不同的启发式算法来应对这些挑战，从而导致它们输出的 contigs 存在许多差异。这也导致了如何评估组装质量以及如何比较不同组装的问题。

Background

Gamete binning 是一种基于单倍体配子的单细胞测序的基因组组装方法，能够将全基因组测序 reads 分离成单倍体特异性 reads，在组装每个单倍体的 reads 后，使用源自配子的遗传图谱将 contigs 搭建到染色体水平。为了获得单倍型基因组组装，一种常见的策略是近交或产生双单倍体基因型以实现纯合基因组的组装。

Background

如今通常使用 Illumina reads 进行与 assembly genome 比对，以评估推断基本水平的准确性，然而对齐短 reads 时，一致性的碱基很容易被检测为变异（SNP 或小插入缺失）；此外，这种方法严重依赖于短 reads 比对。单拷贝直系同源物（BUSCO）被广泛应用于评估组装的基因含量，用于测量组装完整性和错误重复。但是 BUSCO 局限于已被广泛研究的物种，而对于新组装的基因组，分析可能不准确，毕竟 BUSCO 是基于目标物种同源基因。此外，BUSCO 只检查保守的单拷贝基因，而未能评估基因组中最难组装的区域。

Next 主题如何在首页设置文章置顶？当我们需要将某些文章始终保持在首页的最上端，则需要额外添加插件来实现这一功能。下面将记录如何添加与配置 top 插件：hexo-generator-index-pin-top

1、代码中 url 书写规范

• 绝对地址：
  • https://…
• 相对地址：
  • '/page/1' - '/' 开头的相对地址，浏览器会把当前地址栏例的 协议 、ip 和 端口 加上这个地址，作为最终访问地址
  • 'page/1' - 没有 '/'开头的相对地址，浏览器会根据当前 url 的最后一个 / 之前的内容加上该相对地址最为最终访问地址，例如：当前地址栏地址为http://127.0.0.0.1:8000/topic/detail ; 则该相对地址最终结果为 http://127.0.0.1:8000/topic/ + page/1

一、MVC 和 MTV

1、MVC（传统）

• Model-View-Controller（模型-视图-控制器）模式；【M】-主要用于对数据库层的封装；【V】-用于向用户展示结果（What+How）；【C】-用于处理请求、获取数据、返回结果（重要）
• 作用：降低模块间的耦合度（解耦）

2、MTV（Django）

• Model-Template-View（模型-模板-视图）模式；【M】-负责与数据库交互；【T】-负责呈现内容到浏览器（How）；【V】-是核心，负责接收请求、获取数据、返回结果（What）

一、HTTP 协议的请求和响应：

1、定义：请求是指浏览器端通过 HTTP 协议发送给服务器端的数据； 响应是指服务器端接受到请求后做相应的处理后再回复给浏览器端的数据

一、创建项目

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$ django-admin startproject mysite       ## 创建项目名为 mysite 的文件夹