Linux-Shell 编程技巧学习 - 2

Introduction

Shell 脚本的执行逻辑：

准确来讲，shell 会先将脚本写入内存进行执行；这样对脚本进行修改时，便不会生效；

那么在流程代码编写中，我们可以尽量将可能需要修改的代码其中放在另一个外置的脚本中；只需要额外添加一个轮询脚本便可。

在轮询脚本中导入前面外置的脚本，便可实现每次导入脚本时，都会重新将该脚本写入

这样便可在不用重投轮询脚本的前提下对修改后的主脚本生效

Getting Started

续上 Linux-Shell 编程技巧学习-1

1. Shell 编程的外置参数设置

## 1. 常规判断输出的参数个数是否满足条件
##    缺点：参数不能乱序，可读性较差
options1(){
    if [[ $# != 3 ]]; then
        echo -e "USAGE: $ sh $0 str1 str2 ..."
        exit 1;
    fi  
}

## 2. 设置参数时，指定参数的变量名
##    缺点：灵敏性低，无法检测参数传入的准确
options2(){
    while getopts ":a:b:c:" opt
    do
        case $opt in
            a)  
                str1=$OPTARG
                echo -e "参数a: $str1"
                ;;  
            b)  
                str2=$OPTARG
                echo -e "参数b: $str2"
                ;;  
            c)  
                str3=$OPTARG
                echo -e "参数c: $str3"
                ;;  
            :)  
                echo -e "没有输入任何项： -$OPTARG"
                exit 1
                ;;  
            ?)  
                echo -e "错误的传参方式！！！\n\nUSAGE: $ sh $0 -a str1 -b str2 -c str3"
                exit 1
                ;;  
        esac
    done
}

## 3. 结合长短参数设置，灵活处理
##    缺点：一个选项只能读入一个参数，多余
usage(){
    cat <<EOF
Usage: 
    $0 -i readid -s ATGC... [OPTION] ...

Known values for OPTION are:

    -i/--readname   read name/FusionName
    -s/--sequence   query sequence
    -h/--help       print this help and exit
    -b/--blat       the blat path (default: $blatPath_default)
    -d/--database   the database path (default: $database_default)
    -a/--anno       the transvar path (default: $transvar_default)
    -c/--chr        the query chr (default: all)
    --show          print this result (default: false)

author = Jwei
date   = 2023-03-16
EOF
    exit 1
}

ARGS=$(getopt -o hi:s:d:b:a:c: -l readname:,sequence:,database:,blat:,anno:,chr:,show,\help -n $0 -- "$@")
eval set -- "$ARGS"

while true
do
    [ -z "$1" ] && exit 1;
    case "$1" in
        -i|--readname)
            readName=$2
            [ -z "$readName" ] && usage
            shift 2 ;;
        -s|--sequence)
            sequence=$2
            [ -z "$sequence" ] && usage
            shift 2 ;;
        -d|--database)
            database_n=${2:-$database_default}
            shift 2 ;;
        -b|--blat)
            blatPath_n=${2:-$blatPath_default}
            shift 2 ;;
        -a|--anno)
            transvar_n=${2:-$transvar_default}
            shift 2 ;;
        -c|--chr)
            chrq=":$2"
            shift 2 ;;
        --show)
            show="True"
            shift ;;
        -h|--help)
            usage
            shift ;;
        --)
            shift
            break
            ;;
        *)
            usage
            shift
            ;;
    esac
done

## 4. 对（3.）进行简单改写，可支持一个选项读入多个参数
ARGS0=$(echo $@ | awk -F' ' '{for(i=1;i<=NF;i++){if($i~/^-/){opt=$i;}else{printf "%s ",""opt" '\''"$i"'\''"}}}' | awk '{sub(/[\t ]$/,"");print}')
eval set -- "$ARGS0 --"
while true
do
    [ -z "$1" ] && exit 1;
    case "$1" in
        -b|--bam)
            bam+=",$2"
            [ -z "$bam" ] && usage
            shift 2 ;;
        -p|--pos)
            pos+=",$2"
            [ -z "$pos" ] && usage
            shift 2 ;;
        -h|--help)
            usage
            shift ;;
        --)
            shift
            break
            ;;
        *)
            usage
            shift
            ;;
    esac

done

2. while read

需要注意的是，通过管道符传递的参数只在其子进程生效，主进程将无法读取该变量；

但可以通过重定向让 while read 在主进程中运行，这样其中产生的变量就可在主进程中有效调用

## 子进程，主进程无法读取该循环中产生的变量
$ cat sample.path.list | while read sample path...;do
	something ...;
	done

## 循环ti
$ while read sample path ...;do
	something ...;
	done <<< "$(cat sample.path.list)"

References

忘了记录，如有雷同，可联系引用/删稿。手动狗头 ~ ~ ~